Para ello, le corresponde verificar y controlar la legitimidad y legalidad de las actuaciones municipales en el cumplimiento de los objetivos, planes y programas, de acuerdo a las instrucciones técnicas de la Contraloría General de La República y las disposiciones legales vigentes.
Depende jerárquicamente del Alcalde de Chaitén, no obstante, su referente técnico es la Contraloría General de la República.

Esta unidad municipal está a cargo de la Ingeniera Comercial, Nury Denisse Rivera Barría y sus principales funciones son:

• Atender las solicitudes de informes o requerimientos que emanen de la Contraloría Regional de Los Lagos y Contraloría General, actuando como contraparte del órgano fiscalizador en el seguimiento a las observaciones que éste organismo entregue al Municipio en sus fiscalizaciones y resoluciones.
• Realizar la auditoría operativa interna de la municipalidad, con el objeto de fiscalizar la legalidad de su actuación y proponer mejoras.
• Controlar la ejecución financiera y del presupuesto de la Municipalidad, procurando el uso eficiente de los recursos.
• Representar al Alcalde aquellos actos municipales que estime ilegales e irregulares, informando de ello al Concejo, y eventualmente a la Contraloría General de la República, para cuyo objeto tendrá acceso a toda la información disponible.
• Colaborar directamente con el Concejo en el ejercicio de sus funciones fiscalizadoras. Para estos efectos, emite un informe trimestral acerca del estado de avance del ejercicio programático presupuestario; asimismo, informa trimestralmente, sobre el estado de cumplimiento de los pagos por concepto de cotizaciones previsionales de los funcionarios municipales y de los trabajadores que se desempeñan en los Servicios Incorporados a la gestión municipal, administrados directamente por la Municipalidad y de los aportes de la municipalidad debe efectuar al Fondo Común Municipal.
• Proponer modificaciones de procedimientos y procesos que permitan mejorar y optimizar la gestión municipal en todas sus áreas.
• Otras funciones que el Alcalde le asigne, en conformidad con la legislación vigente, tales como, el examen previo de los actos administrativos que la Municipalidad emite, por lo que se relaciona con todos los departamentos y unidades municipales.
• Revisión y emisión de informes sobre rendiciones de fondos otorgados por la Municipalidad de diversas fuentes: Fondos para gastos menores, subvenciones municipales, becas deportivas, entre otros.